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VASP 5.4.1+VTST編譯安裝
2017-03-30

中國科學技術大學超級計算中心 李會民<hmli@ustc.edu.cn>2017-03-29

原文:http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm

VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的過渡態工具澳门牛牛赌博,可以免費獲?。?A _fcksavedurl="http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html">http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html。里面還有VTST Scripts: vtstscripts.tgz,安裝時不需要澳门牛牛赌博澳门牛牛赌博,使用時需要澳门牛牛赌博澳门牛牛赌博。

VASP及VTST安裝無需root權限,普通用戶即可安裝。

  1. 解壓縮VASP源碼包:
    tar xvf vasp.5.4.1.tar.bz2
    解壓縮后的目錄為vasp.5.4.1。
  2. 進入vasp.5.4.1目錄:
    cd vasp.5.4.1
  3. 查看vasp.5.4.1目錄下有何內容:
    ls -l
    輸出類似:
    drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:17 arch
    drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:16 bin
    drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 2月  26 20:59 build
    -rw-r--r-- 1 hmli nic   371 9月  30 11:51 makefile
    -rw-r--r-- 1 hmli nic 12263 9月  30 11:51 README
    drwxr-xr-x 4 hmli nic 20480 9月  30 11:51 src
    查看說明:
    more README
    從說明中我們得知從5.4.1開始目錄結構及編譯方式變化為如下方式:
    vasp.X.X.X (root directory)
                          |
       ---------------------------------------
      |              |          |             |
     arch           bin       build          src
                                              |
                                         ----------
                                        |          |
                                       lib       CUDA
    說明:
    • vasp.X.X.X:解壓縮后的根目錄
    • arch:針對不同架構的Makefile模板,如里面含有makefile.include.linux_intel
    • bin:編譯后的可執行程序文件
    • build:編譯時自動復制src目錄內源碼后執行編譯的目錄
    • src:源碼目錄
    • lib:庫目錄,對應以前的vasp.lib目錄
    • CUDA:GPU CUDA代碼目錄
  4. 設置VTST:
      下載:
      wget http://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode.tgz
      解壓縮:
      tar xvf vtstcode.tgz
      之后會生成vtstcode-171目錄,此目錄內包含以下文件:
      bbm.F
      bdr_changes
      bfgs.F
      cg.F
      chain.F
      dimer.F
      dynamic.F
      dynmat.F
      fire.F
      instanton.F
      lanczos.F
      lbfgs.F
      mkbdrpro.pl
      neb.F
      opt.F
      qm.F
      sd.F
      vasp-5.3.2-main.patch
      vasp-5.3.2-mpmd.patch
      vasp-5.4.1-mpmd.patch
    根據官方安裝說明http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html
    • 需要將這些文件復制到src目錄中:
      • 因為src目錄下存在chain.F,建議先備份chain.F(可選):
        cp src/chain.F src/chain.F-org
      • vtstcode-171目錄下文件復制到src下:
        cp vtstcode-171/* src/
    • 修改src/main.F源碼:

      將(第3233行)

      CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
           LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

      變為(注意后兩行):

      CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
            TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
      !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
    • 修改編譯配置src/.objects,在chain.o前(大概第67行)添加如下內容:
      bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
      fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
    注意\后不能有空格澳门牛牛赌博。
  5. 查看所用的編譯器:
    which ifort
    輸出類似:
    /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort
    如顯示不存在,那么可以類似下面設置下Intel編譯器環境(具體路徑與你所使用的系統有關):
    . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64
  6. 查看Intel MKL環境:
    echo $MKLROOT
    輸出類似:
    /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl
    如顯示不存在,那么可以類似下面設置下Intel MKL環境(最好與編譯器版本一致):
    . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64
  7. 查看Intel MPI環境(最好與編譯器版本一致):
    which mpiifort
    如顯示不存在,那么可以類似下面設置下Intel MPI環境:
    . /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64
    查看是否存在/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a,如沒存在,那么可以在自己目錄下編譯生成libfftw3xf_intel.a
    mkdir -p ~/local/interfaces
    cp -a /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf ~/local/interfaces
    cd ~/local/interfaces/fftw3xf
    make libintel64
    順利的話,將在此目錄下生成libfftw3xf_intel.a。
  8. 采用arch/makefile.include.linux_intel做為模板(在vasp.5.4.1目錄下澳门牛牛赌博,未考慮CUDA):
    cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
  9. 修改makefile.include

    必要時修改OBJECTS那,將

    $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
    修改為(假如使用~/local/interfaces/fftw3xf):
    $(HOME)/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

    其它參數,請見VASP官方說明。

  10. 為防止以前編譯好的.o和.a文件與新修改的編譯配置沖突澳门牛牛赌博,建議清除以前編譯文件:
    make veryclean
  11. 執行編譯,可以默認編譯或分開編譯:
    • 默認編譯(將編譯生成std、gam和ncl版):
      make
    • 分開編譯:
      • 編譯標準std版:
        make std
      • 編譯gamma-only版:
        make gam
      • 編譯non-collinear版:
        make ncl

    編譯完成后將在bin目錄下生成對應的版本的可執行程序:vasp_gam澳门牛牛赌博、vasp_ncl、vasp_std。

  12. 錯誤處理:

    如果有錯,請注意看錯誤信息,然后根據信息進行處理。

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